公司合同规定工资由基本工资和绩效组成，是否

扣部分工资做绩效是否违法，需看劳动合同约定。依据《劳动合同法》，若合同有约定绩效工资，则扣除合法；无约定则违法。未及时处理可能导致劳动争议及赔偿。
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扣绩效需慎重。操作如下：1.查阅劳动合同，确认绩效条款；2.有约定则按约定执行扣除；3.无约定则与员工沟通，协商补签或调整工资结构；4.确保所有操作符合《劳动合同法》规定，避免法律风险。
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处理此问题，常见方式为查阅劳动合同并协商。若合同有约定，按约定执行；无约定，应与员工协商补签或调整。选择方式需基于合同约定及双方意愿。